اتحادیه به‌وسیلهٔ شورای خود اداره می‌شود؛ شورا عالی‌ترین رکن است که نمایندگان همهٔ سازمان‌های عضو را گرد می‌آورد و دست‌کم سالی یک بار تشکیل جلسه می‌دهد. در فاصلهٔ نشست‌های شورا، دفتر شورا سیاست توسعه را تعیین می‌کند و هیئت‌رئیسه به ریاست رئیس، امور جاری را اداره می‌کند و ماهانه تشکیل جلسه می‌دهد. یک هماهنگ‌کننده — یکی از سازمان‌های عضو — منابع طرح‌های مشترک را مدیریت می‌کند و سالانه به شورا گزارش می‌دهد.
| Body | Role | Term |
|---|---|---|
| شورا | Strategy; elects the Chair and the President; approves members and the Regulations | permanent members delegated for 5 years |
| رئیس شورا — Igor V. Fomin | Convenes and chairs the Council; represents the Alliance | 5 years |
| دفتر شورا | Development policy between Council meetings | meets quarterly |
| هیئت‌رئیسه, رئیس اتحادیه — Oleg V. Dolgov | Day-to-day management, negotiations, admission of members | meets monthly |
| دبیر علمی (معاون اول رئیس) | Records of the Council and Presidium | — |
| هماهنگ‌کننده | Manages joint-project resources; annual report to the Council | 5 years |
مصوب شورا در 27 مه 2024 (صورت‌جلسهٔ شمارهٔ 1). متن کامل: آیین‌نامهٔ اتحادیه.